Ernst Mally wurde als Sohn des kaiserlich-königlichen (k.k.) Bezirksarztes und Medizinalrates Dr. Ignaz Mally und seiner Ehegattin Lucia geborener Kristof in Krainburg (heute Kranj, Jugoslawien) am 11. Oktober 1879 geboren. Die Familie stammte aus Neumarktl (heute Tržič) unter dem Loiblpaß, der Großvater war dort Lederermeister. Nach dem Tod von Ignaz Mally zog die Witwe mit den Kindern nach Laibach (Ljubljana), wo Ernst Mally 1890–1898 das Gymnasium besuchte. Schon dort reifte in ihm der Entschluß, Philosoph zu werden. 1898 bezog er die Universität Graz, war bald eifriger Schüler Meinongs im Fach Philosophie, gleichzeitig studierte er im ersten Jahr Germanistik, später Mathematik und Physik, da diese Fächer seinen philosophischen Bestrebungen näher lagen. 1900/01 war Ernst Mally beim k.u.k. Infanterie-Regiment Nr. 27 zum Militärdienst als Einjährig-Freiwilliger eingerückt. In das Jahr 1906 fällt der Abschluß seiner Studien mit der Lehramtsprüfung für Philosophie, Mathematik und Physik, seine erste Anstellung an einer Grazer Mittelschule und seine Verehelichung mit Frau Else, geborener Giriczek, welcher Ehe zwei Töchter entstammen. Zum Doktor der Philosophie war er schon 1903 promoviert worden. Ernst Mally hielt auch als Gymnasiallehrer die Verbindung mit der Universität und insbesondere mit Meinong aufrecht und habilitierte sich 1913 für Philosophie.